Одной из главных задачзаповедника является охрана его природных территорий с целью сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов. Эта задача возложена на отдел охраны заповедника, в которую входят заместитель директора по охране, 2 старших госинспектора, два участковых и 5 госинспекторов. В целях усиления охраны из состава госинспекторов сформирована оперативная группа, состоящая из 3 человек. Работники отдела круглогодично осуществляют патрулирование всей территории заповедника и охранной зоны, следят за её посещаемостью, соблюдением режима охраны и правил природопользования, осуществляют мероприятия по выявлению и пресечению фактов браконьерства.
Отдел охраны снабжён одним автомобилем УАЗ, снегоходами и мотолодками. На коротких маршрутах зимой используются охотничьи лыжи. Для повышения эффективности охраны, удобства и безопасности работ на территории заповедника и охранной зоны имеется 7 лесных избушек. Силами инспекторов в охранной зоне заповедника построены два постоянных кордона и один сезонный.
Отдел тесно сотрудничает со всеми структурными подразделениями заповедника и с населением, проживающим на сопредельной территории, а также с другими районными структурами, занимающимися охраной природы.
Помимо основной деятельности, связанной с охраной территории, силами госинспекторского состава осуществляются следующие виды работ: