Охрана заповедника – важное и трудное направление его деятельности. Сохранение заповедной природы — это не только борьбы с браконьерством, но и работа с местным населением. Предупреждение правонарушений посредством информирования местного населения – является приоритетным направлением работы отдела охраны.
Результатом взаимодействия заповедника с администрацией Поронайского района стало строительство контрольно-пропускного пункта на въезде в охранную зону
Более 60% территории заповедника покрыта лесом. Встречаются и участки тундры с мощным слоем торфа. Высота слоя в некоторых местах может достигать 4 и более метров. Уберечь их от пожара – одна из главных задач отдела охраны в летний период. В это время осуществляется усиленное патрулирование, а информационные материалы в защиту природы позволяют предупредить правонарушения, связанные с небрежным обращением с огнем.